SMKPI telah mula beroperasi pada tahun 1965 dengan 26 orang murid Tingkatan Satu bersama dua orang guru. Guru pertama ditugaskan di sekolah ini ialah Encik Sulaiman bin Md. Dom.
Pada tahun ketiga pembukaannya iaitu 1967, murid-murid Tingkatan Tiga sekolah ini telah menduduki Peperiksaan Sijil Rendah Pelajaran ( SRP). Murid-murid yang berjaya melanjutkan pelajaran ke Tingkatan Empat di SMK Tengku Ampuan Rahimah, Klang.
Yang Teramat Mulia Tunku Abdul Rahman Putera Al-Haj selaku Perdana Menteri Malaysia telah merasmikan sekolah ini pada hari Jumaat 15 Mac 1968. Oleh kerana pada waktu itu, Pulau ini yang dikenali sebagai Pulau Lumut hanya boleh dihubungi melalui jalan laut, maka kehadiran Perdana Menteri adalah dengan menaiki helikopter Nuri Tentera Udara Diraja Malaysia (TUDM) yang mendarat di Padang SMKPI.
Sekitar tahun 70-an, SMKPI ini telah dilawati oleh Duli Yang Maha Mulia Sultan Selangor, Sultan Salahuddin Abdul Aziz Shah pada setiap tahun. Selain itu beberapa orang ternama Negara turut melawat ke sekolah ini, termasuklah Tun Abdul Razak bin Hussin selaku Timbalan Perdana Menteri telah melawat ke sekolah ini pada tahun 60-an. Raja Muda Selangor iaitu Tengku Idris Shah melawat ke sekolah ini bersama-sama Raja Zarina pada tahun 1972. Pada bulan November 1984, Dato’ Sri Anwar Ibrahim iaitu Menteri Pertanian Malaysia pada ketika itu telah melawat ke sekolah ini bagi melancarkan projek “Kampung Angkat”.
Pada tahun 1981, sekolah ini berjaya membuka Kelas Tingkatan Empat dalam aliran Sastera. Manakala murid-murid Tingkatan Empat yang berjaya ke aliran Sains meneruskan persekolahan di SM Tengku Ampuan Rahimah, Klang. Justeru, pada 1982, murid-murid SMKPI telah mula menduduki Sijil Pelajaran Malaysia (SPM). Seramai 22 orang murid telah mengambil peperiksaan SPM pada tahun itu. Pada tahun 1984, sekolah ini telah dinaik taraf daripada Sekolah Gred C kepada sekolah Gred B. Sekolah ini pada mulanya terdiri daripada tiga blok bangunan satu tingkat yang kini dinamakan Blok B, Blok D dan Blok E.
Hasil gotong-royong PIBG, satu bangunan tambahan dengan peruntukan Kementerian Pelajaran Malaysia telah berjaya dibina dan kini dikenali sebagai Blok C. Bangunan ini telah dirasmikan oleh YAB Tan Sri Dato’ Muhammad bin Hj. Muhammad Taib, Meneteri Besar Selangor Darul Ehsan pada 1985.
Pada tahun 1999 nama Sekolah Menengah Kebangsaan Pulau Lumut telah ditukar kepada SMK Pulau Indah. Pertukaran ini dibuat apabila nama Pulau Lumut ditukar kepada Pulau Indah yang telah diperkenankan oleh DYMM Sultan Selangor, Sultan Salahuddin Abdul Aziz Shah.
Tahun 2001, sebuah bangunan dua tingkat siap dibina dan mula digunakan ( Kini Blok A). Bangunan ini dirasmikan oleh YAB Dato’ Dr. Mohamad Khir Toyo, Menteri Besar Selangor pada 9 Februari 2001.
Tahun 2005, SMK Pulau Indah telah menjadi sekolah angkat Westport dan menerima peruntukan Makmal Komputer yang dilengkapi dengan kemudahan komputer. Bangunan ini dikenali sebagai Blok G.
Pada Disember 2008, bangunan rumah guru telah diganti dengan bangunan satu tingkat ( kini Blok H) memandangkan pertambahan pesat bilangan murid dan pembinaan rumah guru yang baru. Bangunan ini telah digunakan pada akhir Januari 2009. Pada bulan Julai, tahun yang sama, Pusat Zakat Selangor telah berbesar hati menyumbangkan peruntukan pembinaan bumbung untuk Dataran Ilmu yang digunakan sebagai tempat solat murid-murid lelaki pada sesi petang kerana kesesakan surau sedia ada. Pada 2012, dijangkakan SMK Pulau Indah akan berpindah ke bangunan barunya di Laguna Park, Pulau Indah.
Kita mendoakan semoga SMK Pulau Indah akan terus maju.
